Ну примерно так:
К примеру берем исходники GIMP (
ссылка)
распаковываем в какойнить каталог.
от суперпользователя (либо root либо, если у вас убунтуподобнаяя хрень, sudo) в консоли запускаем ./configure
смотрим на вывод консоли, если в конце (обычно дооооолго ждать приходится) нет сообщений об ошибках (error) то все намана и можно переходить дальше, если есть сообщения об ошибках смотрим что не так (обычно не хватает девелоперских пакетов, либо не подходит версия какой либо библиотеки). Разруливаем зависимости (устанавливаем нужные пакеты).
Пробуем еще раз ./configure
И так до тех пор пока не добъемся нужного результата.
Как только сконфигурилось нормально пишем make, если все прошло удачно (егоров не повылазило) то продолжаем. Если вылезли ошибки (а это скорее всего из за отсутствия компиляторов) то читаем внимательно вывод консоли и решаем проблему.
Если ошибок нет то пишем в консоли make install
После всего этого запускаем саму программу. Если запустилась то счастье нам немеренное, если нет то где то что то сделано нетак...